アーカイブズとは、東京国立近代美術館アートライブラリに寄贈された、作家や画廊、研究者の旧蔵書を中心とする資料群で、それぞれのまとまりを維持したまま保存しているものを指します。図書館では、特殊コレクションとも呼ばれます。

• 2007年、故藤田嗣治未亡人君代氏より藤田嗣治旧蔵資料約900点が寄贈された。2011年からは東京国立近代美術館の図書館OPACで検索が可能になっているが、ここにその全リストを公開するものである。

• 空蓮房（くうれんぼう）は、2006年に東京・蔵前にある長応院の住職である谷口昌良氏が境内の中に開いたギャラリー。同氏が収集されてきた写真作品が当館に寄贈された際、2012年に約1,600点の写真関係資料がアートライブラリに一括寄贈された。

• 1987年に当館で開催した「今日の作家：難波田龍起展」をきっかけに、作家ご自身から寄贈された資料群。

• 2020年に難波田龍起氏のスケッチブックがコレクションとして寄贈された際に、関連する資料としてアートライブラリに寄贈された高村光太郎からの書簡を中心とする資料群。

• 山田正亮による「制作ノート」（1949年〜1972年）、「制作ノート」を元に山田氏が再編した「YAMADA Note」（全７巻）、芳名帳、原稿、スケッチブック、メモ・ノート等を中心とする資料群。

• 2016年に当館で開催した「endless：山田正亮の絵画」をきっかけに寄贈された山田正亮氏の旧蔵書を中心とする資料群。

• 1993年度に、岸田劉生の御子息、故鶴之助氏より当館に遺贈された関係資料の内、装幀本や蔵書、原稿を中心とする資料群。

• 夢土画廊（むどがろう）は、画廊主の小林純氏（1922～2006）が1956年から2006年にかけて、東京・銀座を中心に運営していた画廊（旧称は六本木画廊）。夢土画廊関係資料は、2017年に小林氏のご遺族から寄贈された資料群。

• 近藤幸夫氏が1991年から2009年にかけて、ヨーロッパへの渡航調査で取得した資料群。